مع عدم الاخلال بحق ديوان المراقبة العامة في الرقابة على حسابات الهيئة وما تقضي به اللائحة الموحدة لوحدات المراجعة الداخلية في الاجهزة الحكومية والمؤسسات العامة؛ تتولى وحدة المراجعة الداخلية المهمات الاتية: تقويم انظمة الرقابة الداخلية، بما في ذلك النظام المحاسبي، للتحقق من سلامتها وملاءمتها وتحديد اوجه القصور فيها ان وجدت، واقتراح الوسائل والاجراءات اللازمة لعلاجها بما يكفل حماية اموال الهيئة وممتلكاتها من الاختلاس والتلاعب والضياع. التاكد من التزام الهيئة بالانظمة واللوائح والتعليمات والاجراءات المالية المعتمدة لديها، والتحقق من كفايتها وملاءمتها. فحص المستندات الخاصة بالمصروفات والايرادات بعد اتمامها، للتاكد من انها تمت وفق الانظمة واللوائح والتعليمات ذات العلاقة. فحص البرامج المحاسبية للتاكد من انتظام القيود وصحتها وسلامة التوجيه المحاسبي. مراجعة حسابات الهيئة البنكية، وفحص برامجها المحاسبية، وفقا للقواعد والاجراءات المقررة. مراجعة اعمال المستودعات، وفحص برامجها المحاسبية، والتحقق من ان الجرد والتقويم واساليب التخزين قد تمت وفقا لاحكام اللائحة والقواعد والاجراءات المقررة. مراجعة التقارير المالية والحسابات الختامية التي تعدها الهيئة، والتاكد من دقتها ومدى موافقتها للانظمة واللوائح والتعليمات والسياسات التي تطبقها الهيئة. القيام بالاعمال التي يكلفها بها الرئيس التنفيذي، في حدود اختصاصاتها.