1. يكون لمجلس شؤون الجامعات امين عام يتم تكليفه بامر من رئيس مجلس الوزراء بناء على ترشيح رئيس مجلس شؤون الجامعات. 2. تخصص ميزانية برنامج تشغيلي لامانة مجلس شؤون الجامعات وتعتمد ضمن ميزانية وزارة التعليم.