يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، يعين بناء على ترشيح الرئيس، ويكون هو المسؤول عن ادارة الهيئة وتسيير اعمالها، وتتركز مسؤولياته وصلاحياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقرره المجلس، وله على وجه الخصوص ممارسة الصلاحيات الاتية: اقتراح السياسات العامة للهيئة المتعلقة بانشطتها، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذ ذلك، ورفعها الى المجلس لاقرارها، والاشراف على تنفيذها بعد اقرارها. الاشراف على اعداد مشروعات الانظمة ذات العلاقة باختصاصات الهيئة، واقتراح تعديل المعمول به منها. الاشراف على اعداد هيكل الهيئة التنظيمي ولوائحها الادارية والمالية واللوائح اللازمة لتسيير العمل فيها، ورفعها الى المجلس؛ لاقرارها. الاشراف على سير العمل في الهيئة طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. الصرف من الميزانية المعتمدة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة، والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، والتقرير السنوي، ومشروع الحساب الختامي، ورفعها الى المجلس. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. متابعة تنفيذ القرارات الصادرة من المجلس، او القرارات ذات الصلة باعمال الهيئة. تشكيل لجان عمل داخل الهيئة (دائمة او مؤقتة) وفقا لما تقضي به اللوائح والاجراءات المعتمدة لدى الهيئة. الاستعانة بالخبراء والمستشارين المتخصصين الذين تحتاج اليهم الهيئة، وفقا للوائح المعمول بها. التعاقد مع الموظفين والعاملين في الهيئة، وفقا للهيكل التنظيمي واللوائح المالية والادارية التي يقرها المجلس. التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. تمثيل الهيئة امام القضاء ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.