يكون للهيئة محافظ- بمرتبة وزير- يعين بامر ملكي، ويعد المسؤول عن ادارة شؤونها، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم، وما يقره المجلس في حدود اختصاصه، ويتولى الصلاحيات والمهام الاتية: تنفيذ قرارات المجلس. اعداد السياسات العامة للهيئة، وخطة عملها، وخططها التشغيلية، ورفعها الى المجلس، ومتابعة تنفيذها بعد موافقة المجلس عليها. الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والبرامج المعتمدة. اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة، ولوائحها المالية والادارية، بما في ذلك اللوائح المتعلقة بشؤون منسوبيها وتامين مشترياتها وتنفيذ مشروعاتها ورفعها للمجلس. اعداد اللوائح والقواعد والتعاميم والتعليمات للانشطة التي تكون من اختصاص الهيئة في حدود النطاق الجغرافي والرفع بها للمجلس. اعداد وثيقة تطوير المحافظة، بما يسهم في تطوير النطاق الجغرافي وتحقيق اهداف الهيئة ورفعها للمجلس. تعيين العاملين في الهيئة، والاشراف عليهم طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. اصدار الاوامر بمصروفات الهيئة بموجب الميزانية السنوية المعتمدة. فتح الحسابات المصرفية لصالح الهيئة، وادارتها. تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة وانجازاتها ونشاطاتها. تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في صلاحيات المجلس. التوقيع على الاتفاقيات والعقود التي يمنحه المجلس الصلاحية بتوقيعها. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، وتقريرها السنوي، وحسابها الختامي، وعرضها على المجلس لاقرارها تمهيدا لاستكمال ما يلزم في شانها. تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والادارية وغيرها داخل المملكة وخارجها. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام التنظيم وقرارات المجلس، وذلك بحسب الصلاحيات المفوضة له. ما يكلفه به المجلس من مهام وصلاحيات واعمال. وللمحافظ تفويض كل صلاحياته - او بعضها - الى من يراه من منسوبي الهيئة او من غيرهم. يرفع المحافظ خلال اربعة اشهر من بدء كل سنة مالية تقريرا ماليا سنويا وتقريرا عن انجازات الهيئة خلال السنة المالية المنقضية والصعوبات التي واجهتها ومقترحات لتحسين سير العمل فيها الى المجلس.