تنشا ضمن الوحدات التنظيمية للمركز وحدة مختصة بالحسابات الصحية الوطنية، وتكون مهمتها ايجاد نظام للحسابات الصحية الوطنية في المملكة، والعمل على تطبيقه بما يمكن من قياس وتحليل التدفقات المالية في النظام الصحي بمختلف مستوياته، والتعرف على انماط تكاليف الانفاق على الخدمات الصحية.