تعتمد ضمن الميزانية العامة للوزارة ميزانية خاصة باسم ميزانية (امانة مجلس ادارة المدن الطبية والمستشفيات التخصصية التابعة لوزارة الصحة) ، ويصرف منها على اعمال المجلس ولجانه ومكافات اعضائه وامانته وفقا للانظمة واللوائح المالية المعمول بها.