يكون للهيئة رئيس بالمرتبة الممتازة يعين بامر ملكي كما يكون له نائب او اكثر يعينون بقرار من مجلس الوزراء بناء على اقتراح من وزير العدل .. ويعد رئيس الهيئة هو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة ومرجعه رئيس مجلس الادارة . وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه هذا النظام وما يقرره مجلس الادارة. ويكلف الرئيس في حالة غيابه احد نوابه ليحل محله في ممارسة اختصاصاته، وذلك بعد موافقة وزير العدل . ويمارس رئيس الهيئة الاختصاصات الاتية : 1 - متابعة القرارات الصادرة من مجلس الادارة وتنفيذها. 2 - اقتراح مشروع الميزانية والتقديرات المالية والحساب الختامي للمشمولين بهذا النظام وعرضه على مجلس الادارة. 3 - اعداد التقرير السنوي العام عن اعمال الهيئة وعرضه على مجلس الادارة. 4 - الاشراف على منسوبي الهيئة طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. 5 - اصدار اوامر بالمصروفات الخاصة بالهيئة بموجب الميزانية السنوية المعتمدة. 6 - اقتراح خطط الهيئة وبرامجها والاشراف على تنفيذها بعد موافقة مجلس الادارة عليها. 7 - الاشراف على اعداد الحسابات السنوية لكل وقف من الاوقاف المشمولة بهذا النظام. ولرئيس الهيئة ان يفوض بعض هذه الاختصاصات لاحد نوابه. تعديلات المادة المادة الثامنة: المادة الثامنة عدل صدر هذه المادة بموجب قرار مجلس الوزراء رقم (11) وتاريخ 1439/1/6ه.