يدير كل ميناء مدير يرتبط مباشرة برئيس مجلس الادارة ، ويعطى كافة الصلاحيات اللازمة لادارة الميناء. ويشكل في كل ميناء مجلس استشاري، يتالف من ممثلين عن الادارات الحكومية العاملة في الميناء مع ممثل عن كل من الغرف التجارية ووكلاء الشحن البحري، وتكون مهمة المجلس تقديم المشورة الى ادارة الميناء لتحسين اعمالها، وحل المشاكل التي تعترض اعماله اليومية.