يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، يتم تعيينه بامر ملكي بناء على ترشيح الوزير وهو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة، وتتركز مسؤوليته في حدود ما ينص عليه التنظيم وما يقرره المجلس، ويمارس المحافظ بوجه خاص الصلاحيات والمهمات التالية : ا - الاشراف على الاعداد لاجتماع المجلس. ب - متابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن المجلس. ج - الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة ومشروع الحساب الختامي والتقرير السنوي وعرضها على المجلس. د - الاشراف على منسوبي الهيئة طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. ه - اصدار الاوامر بمصروفات الهيئة بموجب الميزانية السنوية المعتمدة. و - تقديم تقارير دورية للمجلس عن اعمال الهيئة ومنجزاتها ونشاطها. ز- اقتراح خطط الهيئة وبرامجها، والاشراف على تنفيذها بعد موافقة المجلس عليها. ح - تمثيل الهيئة في صلاتها بغيرها من الجهات وامام القضاء، وله تفويض غيره للقيام بذلك. ط - تفويض بعض هذه الصلاحيات والمهمات الى المسؤولين في الهيئة.