يكون المحافظ هو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة وتسيير اعمالها وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه هذا التنظيم، وما يقرره مجلس الادارة، ويمارس الاختصاصات الاتية: 1 - الاشراف على الاعداد لاجتماعات مجلس الادارة. 2 - متابعة تنفيذ قرارات مجلس الادارة. 3 - اعداد مشروع ميزانية الهيئة ومشروع الحساب الختامي والتقرير السنوي تمهيدا لعرض ذلك على مجلس الادارة. 4 - الاشراف على موظفي الهيئة ومستخدميها وعمالها طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. 5 - اصدار اوامر بالمصروفات الخاصة بالهيئة بموجب الميزانية السنوية المعتمدة. 6 - تقديم تقارير دورية الى مجلس الادارة عن اعمال الهيئة ومنجزاتها ونشاطاتها. 7 - اقتراح خطط وبرامج الهيئة والاشراف على تنفيذها بعد الموافقة عليها من مجلس الادارة. 8 - تمثيل الهيئة امام الجهات الحكومية الاخرى وغيرها. وللمحافظ تفويض بعض هذه الاختصاصات الى غيره من المسؤولين عن ادارة الهيئة.