يكون للمركز رئيس تنفيذي، يكون تعيينه واعفاؤه بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، وهو المسؤول التنفيذي عن ادارة المركز، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويمارس الاختصاصات الاتية: الاشراف على سير عمل المركز، والعاملين فيه، وفقا للصلاحيات المنوطة به وما تحدده لوائح المركز. التحضير لاجتماعات المجلس، والدعوة اليها، والاشراف على اعداد محاضر المجلس وقراراته، ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها. اقتراح الاستراتيجيات والخطط والبرامج ومؤشرات الاداء ذات العلاقة بالقطاع غير الربحي، والاشراف على تنفيذها بعد اقرارها. اقتراح ما يستلزمه تنظيم القطاع غير الربحي من تنظيمات ولوائح وقواعد وادلة ومعايير، وفق ما تقضي به انظمة القطاع وسياساته، والاشراف على تنفيذها بعد اقرارها. اقتراح هيكل المركز التنظيمي، ولوائحه الادارية والمالية، ولوائحه الداخلية الاخرى، والاشراف على تنفيذها بعد اقرارها. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية المركز وحسابه الختامي والتقرير السنوي، ورفعها الى المجلس. اصدار اوامر الصرف وفق ميزانية المركز السنوية المعتمدة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفق الانظمة واللوائح المالية، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس. تعيين منسوبي المركز وفق اللوائح المنظمة لذلك، والاشراف عليهم. اعداد تقارير دورية عن اعمال المركز وانجازاته ونشاطاته والمعوقات التي تواجهه، ورفعها الى المجلس؛ تمهيدا لاستكمال ما يلزم في شانها. تمثيل المركز امام القضاء ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات، وغيرها من الجهات داخل المملكة او خارجها، وله تفويض غيره. تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في اختصاصه. التوقيع على الاتفاقيات والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللرئيس التنفيذي -بعد موافقة المجلس- تفويض بعض اختصاصاته الى غيره من منسوبي المركز.