يكون للمجلس امانة عامة تسمى (الامانة العامة لمجلس ادارة المدن الطبية والمستشفيات التخصصية التابعة لوزارة الصحة) ، تتولى الترتيبات التنظيمية والادارية والفنية المساندة التي تسهم في انجاح عمل المجلس، وبخاصة ما ياتي : 1 - اعداد جدول اجتماعات المجلس وتحضير اعماله، واللجان المنبثقة منه, وموافاة المجلس بالموضوعات المطروحة عليها. 2 - تسجيل المداولات والمناقشات والتوصيات، وتوثيق القرارات، واعداد محاضر اجتماعات المجلس، واللجان المنبثقة منه. 3 - متابعة تنفيذ قرارات المجلس وتوصياته، واعداد التقارير الدورية اللازمة عن الانجازات والتوصيات، ورفعها الى الرئيس. 4 - اعداد ملفات المجلس وتنظيمها وحفظها، كالمحاضر والوثائق والمستندات وكل ما يتعلق باعماله. 5 - توفير الوثائق والمصادر الضرورية التي يحتاج اليها المجلس واللجان المنبثقة منه، وتزويده بالمراسلات والاتصالات ذات العلاقة باعمالها. 6 - القيام بجميع اعمال المجلس الخاصة بالشؤون الادارية والمالية والسكرتارية، واتخاذ الاجراءات الادارية والمالية اللازمة لتنفيذ خطة العمل التي يقرها المجلس. 7 - اي عمل اخر يكلفها به المجلس او رئيسه.