يكون للهيئة رئيس تنفيذي، يعين ويعفى من منصبه بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، ويكون المسؤول عن ادارة الهيئة وتسيير اعمالها، وتتركز مسؤولياته وصلاحياته في حدود ما تنص عليه الترتيبات التنظيمية، وما يقرره المجلس، وله على وجه الخصوص ممارسة الصلاحيات الاتية: اقتراح السياسات العامة المتعلقة بجميع الطرق داخل النطاق العمراني وخارجه وصيانتها، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح الخطط الاستراتيجية الخاصة بالطرق وتنظيمها، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح خطط الهيئة وسياساتها وبرامجها، ورفعها الى المجلس لاعتمادها، والعمل على تنفيذها بعد اعتمادها. اقتراح ضوابط وقواعد دعم الانشطة الاستثمارية والخدمات ذات القيمة المضافة للطرق، بما فيها الخدمات المساندة، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح الشروط والمعايير والضوابط والمواصفات لانشاء جميع الطرق داخل النطاق العمراني وخارجه وصيانتها، ورفعها الى المجلس لاعتمادها، ومتابعة الالتزام بها بعد اعتمادها. اقتراح معايير الامان والسلامة والبيئة المتعلقة بجميع الطرق داخل النطاق العمراني وخارجه، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح القواعد والمعايير الخاصة بقطاع الطرق، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح ضوابط اسناد بعض مهمات الهيئة الى جهات حكومية او الى القطاع الخاص، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح لائحة التراخيص والتصاريح التي تختص بها الهيئة، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. الاشراف على اعداد الهيكل التنظيمي للهيئة، ولوائحها الادارية والمالية، واللوائح اللازمة لتسيير العمل فيها؛ ورفعها الى المجلس لاعتمادها. متابعة تنفيذ القرارات التي يصدرها المجلس، او القرارات ذات الصلة باعمال الهيئة. التوقيع على الاتفاقيات والعقود بانواعها مع الافراد والمؤسسات والشركات فيما له علاقة باغراض الطرق ونشاطاتها، بعد موافقة المجلس. التعاقد مع العاملين في الهيئة، وفقا للهيكل التنظيمي واللوائح المالية والادارية التي يقرها المجلس. الصرف من الميزانية المعتمدة واتخاذ الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقررة والصلاحيات المفوضة له من المجلس. تنظيم مشاركة الهيئة في المعارض والمؤتمرات الاقليمية والدولية. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام الترتيبات التنظيمية واللوائح الصادرة بناء عليها والقواعد والاجراءات المعتمدة، بحسب الصلاحيات الممنوحة له. الاشراف على منسوبي الهيئة، ومباشرة الاختصاصات والصلاحيات المالية والادارية الممنوحة له وفقا للترتيبات التنظيمية وما تحدده اللوائح. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، وتقريرها السنوي، ومشروع حسابها الختامي، ورفعها الى المجلس. رفع تقارير دورية الى المجلس عن سير العمل في الهيئة. التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. اقرار الخطط والبرامج اللازمة للتدريب والابتعاث وايفاد منسوبي الهيئة في جميع مجالات عملها ومتابعة تنفيذها. تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والادارية وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. اي مهمة اخرى يكلفه بها المجلس. وللرئيس التنفيذي تفويض اي من اختصاصاته الى غيره من منسوبي الهيئة.