يكون للمؤسسة محافظ بالمرتبة الممتازة، يعين بناء على ترشيح من الوزير، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود ما تنص عليه الترتيبات التنظيمية وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات الاتية: اقتراح سياسات الهيئة العامة، واستراتيجياتها، وخططها وبرامجها، ورفعها الى المجلس لاقرارها، ومتابعة تنفيذها بعد اقرارها. اقتراح الاطر والقواعد والمعايير والضوابط ومؤشرات قياس الاداء، ذات الصلة باعمال الهيئة، ورفعها الى المجلس لاقرارها. اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة، ولوائحها الادارية والمالية والداخلية، ورفعها الى المجلس لاقرارها. الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والقرارات التي يقرها المجلس. الاشراف على اعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس. الاشراف على اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، تمهيدا لرفعها الى المجلس. تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة ومنجزاتها ونشاطاتها. تعيين العاملين في الهيئة والاشراف عليهم وفقا للوائح الهيئة. اصدار الاوامر بمصروفات الهيئة، وفقا للوائح الهيئة المالية. متابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن المجلس. تمثيل الهيئة امام القضاء، والجهات الحكومية والمؤسسات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة، وله تفويض غيره بذلك. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الاحكام الواردة في الترتيبات التنظيمية، واللوائح، بحسب الصلاحيات المخولة له من المجلس. التعاقد مع المكاتب الاستشارية وبيوت الخبرة والخبراء، في حدود نشاط الهيئة، ووفقا لما تحدده لوائح الهيئة. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته الى غيره من منسوبي الهيئة.