يكون للمعهد مدير عام، يتم تعيينه واعفاؤه من منصبه بقرار من المجلس، ويحدد قرار التعيين اجره ومزاياه المالية الاخرى، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون المعهد، وتتركز مسؤولياته في حدود الترتيبات وما يقرره المجلس. ويتولى الاختصاصات الاتية: الاشراف على اعداد استراتيجية المعهد، ورفعها الى المجلس. اقتراح السياسات المتعلقة بنشاط المعهد، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، واللوائح الادارية والمالية والداخلية وغيرها من اللوائح والمعايير والضوابط اللازمة لتسيير عمل المعهد والتي تدخل في اختصاص المجلس، والهيكل التنظيمي للمعهد، والرفع بها الى المجلس. الاشراف على اعداد تقرير المعهد السنوي ومشروع ميزانيته وحسابه المالي الختامي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس وفقا للاجراءات المتبعة. اصدار الاوامر بمصروفات المعهد وفقا للميزانية السنوية المعتمدة، ووفقا للوائح المعتمدة. متابعة تنفيذ القرارات الصادرة من المجلس. تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في اختصاصات المعهد. الاشراف على اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط المعهد وبرامجه، وعرضها على المجلس. تمثيل المعهد امام الجهات القضائية، ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. التعاقد مع الخبراء والمستشارين في حدود اغراض المعهد، ووفقا لما تحدده اللوائح. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. تعيين العاملين في المعهد والاشراف على سير العمل فيه وفقا للوائح والخطط والبرامج المعتمدة. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام الترتيبات واللوائح الصادرة بناء عليها، بحسب الصلاحيات المخولة له. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللمدير العام تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي المعهد.