مجلس ادارة الهيئة هو السلطة المهيمنة على ادارة شؤونها وتصريف امورها، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اغراضها في حدود هذا النظام، وله على وجه الخصوص ما ياتي: 1 - اقرار السياسة العامة للهيئة ومتابعة تنفيذها. 2 - اقرار المواصفات القياسية الالزامية لكل المنتجات التي تدخل ضمن اختصاصات الهيئة، وضوابط استيرادها وتصديرها وتسجيلها، والاشتراطات الخاصة بمصانع الاغذية والادوية. 3 - اقرار الاسلوب الاداري والمالي الملائم لادارة الهيئة بما يمكنها من تحقيق اهدافها. 4 - اقرار اللوائح الادارية والمالية والفنية التي تتناسب مع المهمات المحددة للهيئة واسلوب ادارتها واصدارها. 5 - اقرار قواعد واجراءات تكوين اللجان العلمية والفنية وفرق العمل، وتحديد مكافات اعضائها. 6 - اقرار الخطط اللازمة لتحقيق الهيئة اهدافها. 7 - اقرار مشروع الميزانية السنوية للهيئة. 8 - اقرار التقرير السنوي للهيئة في نهاية كل عام تمهيدا لرفعه الى رئيس مجلس الوزراء . 9 - اقرار الحساب الختامي للهيئة تمهيدا لرفعه الى مجلس الوزراء . 10 - تعيين مراجع او اكثر لحسابات الهيئة، واعتماد تقاريره. 11 - قبول المساعدات والتبرعات والهبات والوصايا والاوقاف التي تقدم للهيئة. 12 - الموافقة على فتح فروع او مكاتب للهيئة.