يكون للوكالة رئيس تنفيذي يعين بقرار من المجلس، ويحدد قرار التعيين اجره ومزاياه المالية، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الوكالة، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات والمهمات الاتية: ا- الاشراف على سير العمل في الوكالة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. ب- اقتراح سياسات العمل المتعلقة بنشاط الوكالة، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، ورفعها الى المجلس، ومتابعة تنفيذها بعد اقرارها. ج- اقتراح الهيكل التنظيمي للوكالة، ومشروعات اللوائح الادارية والمالية وغيرها من اللوائح الداخلية اللازمة لعمل الوكالة، ورفعها الى المجلس لاقرارها. د- تعيين العاملين في الوكالة والاشراف عليهم وانهاء خدماتهم، وفقا لما تحدده اللوائح. ه- اصدار الاوامر بمصروفات الوكالة وفقا للميزانية السنوية المعتمدة ولوائح الوكالة، والتوقيع على العقود ومذكرات التفاهم وغيرها وفقا لما يقرره المجلس. و- اعداد مشروع ميزانية الوكالة السنوية ومشروع حسابها الختامي وتقريرها السنوي، ورفعها الى المجلس للموافقة عليها. ز- تمثيل الوكالة امام القضاء ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. ح- اعداد التقارير الدورية عن سير عمل الوكالة وانجازاتها، وعما يعوق تحقيق اهدافها، وتوصياته في هذا الشان، ورفعها الى المجلس. ط- تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في اختصاص الوكالة. ي- اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس او لوائح الوكالة. للرئيس التنفيذي تفويض بعض اختصاصاته ومهماته وصلاحياته الى غيره من منسوبي الوكالة.