يكون للمركز رئيس تنفيذي، يعين ويعفى من منصبه بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون المركز، وتتركز مسؤولياته في حدود هذا التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات الاتية: اقتراح السياسات العامة المتعلقة بنشاطات المركز والبرامج اللازمة لتنفيذها. اقتراح مشروع هيكل المركز التنظيمي ورفعه الى المجلس. تمثيل المركز امام الجهات الحكومية والمؤسسات ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وامام القضاء وله تفويض غيره في ذلك. تنفيذ قرارات المجلس ومباشرة ما يخوله اياه من اختصاصات وصلاحيات. اقتراح اللوائح الادارية والمالية التي يسير عليها المركز وغيرها من اللوائح الداخلية، ورفعها الى المجلس. اعداد مشروع ميزانية المركز السنوية وحسابه الختامي وتقريره السنوي، ورفعها الى المجلس. اعداد التقارير الدورية عن سير العمل في المركز، ورفعها الى المجلس. تعيين منسوبي المركز وفقا للوائح الداخلية المنظمة، والاشراف عليهم. وللرئيس التنفيذي ان يفوض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي المركز.