المجلس هو السلطة العليا المهيمنة على شؤون الهيئة وتصريف امورها، وله ممارسة جميع الصلاحيات واتخاذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اغراضها؛ وذلك في حدود احكام التنظيم، وله بوجه خاص ما ياتي: 1- اقرار خطط الهيئة وسياساتها وبرامجها، ومتابعة تنفيذها. 2- اعتماد القواعد اللازمة لادارة الموانئ وفقا لافضل النظم والاساليب الدولية. 3- اعتماد اللوائح والقواعد والمعايير الخاصة باستخدام الموانئ. 4- اعتماد معايير الامان والسلامة والبيئة الخاصة بالموانئ، ومتابعة تنفيذها. 5- اعتماد هيكل الهيئة الاداري ودليلها التنظيمي. 6- اعتماد لوائح الهيئة المالية والادارية والتشغيلية والاستثمارية. 7- اعتماد لائحة منح التراخيص. 8- اعتماد المقابل المالي الذي تتقاضاه الهيئة عن الخدمات التي تقدمها. 9- مراجعة الاجور وفئاتها الواردة في نظام رسوم واجور خدمات الموانئ الصادر بالمرسوم الملكي رقم (م/42) وتاريخ 2 / 7 / 1405 ه، وتعديلها واعتمادها والغاؤها، متى اقتضت الحاجة ذلك، وعليه عند قيامه بذلك مراعاة الاتي: ا‌- ان تكون فئات الاجور ضمن المعايير المعمول بها وضمن الاسعار المنافسة دوليا واقليميا. ب- ان تكون الاجور محفزة لشركات النقل البحري والخاصة للتشغيل في الموانئ واستخدام مرافقها والاستفادة من خدماتها. ج‌- ان يؤخذ في الاعتبار الاهمية الاستراتيجية لبعض موانئ المملكة. 10- استحداث فئات لخدمات الموانئ، وتحديد مبالغ اجورها، وتعديلها، متى اقتضت الحاجة ذلك. 11- الموافقة -بعد التنسيق مع صندوق الاستثمارات العامة- على تاسيس شركة او اكثر، او على دخول الهيئة في شركات قائمة شريكا او مساهما وفقا للاجراءات النظامية. 12- تحديد خدمات تشغيل الموانئ المستهدفة بالتخصيص. 13- تحديد البنية الاساسية للموانئ التي تقوم بها الهيئة بمفردها او بالاشتراك مع غيرها. 14- النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة وعن مركزها المالي واتخاذ ما يلزم في شانها. 15- الموافقة على استثمار العقارات والمرافق التي تملكها الهيئة. 16- اقرار ميزانية الهيئة ورفعها بحسب الاجراءات النظامية. 17- اقرار حساب الهيئة الختامي وتقريرها السنوي وتقرير مراجع الحسابات، ورفعها بحسب الاجراءات النظامية. 18- ابرام الاتفاقيات والعقود بانواعها مع الافراد والمؤسسات والشركات والمنظمات فيما له علاقة باغراض الموانئ ونشاطاتها ، ومراجعتها بصفة دورية بحسب المتطلبات التشغيلية، وتعديل ما يلزم في شانها بالتوافق مع المستثمرين. 19- قبول الهبات والاعانات والمنح والوصايا والتبرعات والاوقاف وفقا للانظمة. وللمجلس تفويض الرئيس في بعض تلك الصلاحيات.