يكون للهيئة رئيس تنفيذي -يرشحه الرئيس- يعين ويعفى بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقره المجلس، ويتولى الاختصاصات الاتية: اقتراح السياسات والاستراتيجيات والخطط والبرامج والمبادرات اللازمة للانشطة الملاحية والانشطة البحرية وما تتضمنه من مهمات للهيئة وفق اختصاصاتها. اقتراح المواقع والمسارات للانشطة البحرية والانشطة الملاحية والخرائط التفاعلية اللازمة وتطويرها، تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح الاحتياجات الحالية والمستقبلية اللازمة لتهيئة البنى التحتية للانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة للعمل على اتخاذ ما يلزم في شانها. اقتراح الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة المتعلقة بتقديم الخدمات في الانشطة البحرية والانشطة الملاحية والاشراف على تطبيقها، تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة للمراسي البحرية السياحية بما يشمل تطويرها وادارتها وتشغيلها، تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح ضوابط اسناد بعض مهمات الهيئة الى القطاع الحكومي او الى القطاع الخاص او الى القطاع غير الربحي، تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح الية التحقق من حماية البيئة البحرية في المواقع التي تمارس فيها الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح خطط تاهيل وتدريب الكفاءات الوطنية في التخصصات ذات العلاقة بمهمات الهيئة واختصاصاتها، تمهيدا لرفعها الى المجلس. الاشراف على سير العمل في الهيئة، وفقا للانظمة واللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. الاشراف على اعداد اللوائح المالية والادارية واللوائح الداخلية لتسيير شؤون الهيئة؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس. اقتراح هيكل الهيئة التنظيمي، تمهيدا لرفعه الى المجلس. الاشراف على اعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس. اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، وعرضها على المجلس. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والادارية وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية، وفقا للانظمة واللوائح المقرة من المجلس، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس اقتراح فتح فروع او مكاتب للهيئة داخل المملكة، تمهيدا لرفعه الى المجلس. التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي فوضه بها المجلس. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الاحكام الواردة في التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه، بحسب الصلاحيات المخولة له. تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح المنظمة لذلك، والاشراف على اداء اعمالهم. تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في اختصاصات الهيئة. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللرئيس التنفيذي تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.