المجلس هو السلطة المسؤولة عن رسم السياسة العامة للصندوق في حدود التنظيم، والانظمة واللوائح الاخرى ذات العلاقة، وله ان يتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اهداف الصندوق، وله كذلك -على سبيل المثال لا الحصر- الاختصاصات الاتية: 1 الاشراف على تنفيذ الصندوق للمهمات المنوطة به. 2 اقرار الاستراتيجيات والسياسات المتعلقة بنشاط الصندوق، والخطط والبرامج والمشاريع اللازمة لتنفيذها. 3 تحديد ما يجنب من عوائد الاستثمار لاكمال راس مال الصندوق. 4 اعتماد الاسهام في تمويل المبادرات الخاصة بكل مركز بناء على الاولويات الوطنية التي تقرها الوزارة. 5 اقرار الهيكل التنظيمي للصندوق. 6 اقتراح تعديل التنظيم تمهيدا لرفعه من الوزارة. 7 اقرار اللوائح الادارية والمالية التي يسير عليها الصندوق بعد الاتفاق مع وزارة المالية، وغيرها من اللوائح والاجراءات الداخلية والفنية اللازمة لتسيير شؤونه وعمله. 8 تحديد المقابل المالي للخدمات والاعمال التي يقدمها الصندوق في مجال اختصاصه لغير المراكز الوطنية لقطاعي البيئة والارصاد، بما فيها عوائد الرعاية والدعاية والاعلان. 9 اقرار مشروع ميزانية الصندوق، وحسابه الختامي، وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي؛ تمهيدا لرفعها بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. 10 النظر في التقارير الدورية عن سير العمل في الصندوق، واتخاذ القرارات اللازمة في شانها. 11 قبول الهبات والتبرعات والمنح والوصايا والاوقاف بحسب القواعد المنظمة لذلك. 12 تعيين مراجع حسابات خارجي معتمد، ومراقب مالي داخلي. 13 تحديد اوجه استثمار موارد الصندوق، واقرار الخطط التنموية والاستثمارية، وذلك دون الاخلال باولويات تمويل المراكز الوطنية لقطاعي البيئة والارصاد. 14 الموافقة على ابرام الاتفاقيات والعقود، بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. وللمجلس -في سبيل تحقيق هذه الاختصاصات- تشكيل لجان دائمة او مؤقتة من اعضائه او من غيرهم يعهد اليها القيام بمهمات محددة، وله كذلك الاستعانة بمن يراه من الخبراء والمختصين والمستشارين وغيرهم لاداء بعض المهمات الداخلة في نطاق اختصاص الصندوق، وتحديد اتعابهم ومدة عملهم. وللمجلس كذلك تفويض بعض تلك المهمات الى من يراه من اعضاء المجلس او المسؤولين في الصندوق وفق ما يقتضيه سير العمل فيه.