المجلس هو السلطة المهيمنة على ادارة شؤون المركز وتصريف اموره، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اهدافه في حدود ما تضمنته احكام التنظيم، وله بوجه خاص ما ياتي: اقرار الاستراتيجيات والخطط والبرامج والمبادرات والاجراءات والضوابط ذات العلاقة باهداف المركز. اقرار هيكل المركز التنظيمي. اقرار اللوائح المالية، بالاتفاق مع وزارة المالية. اقرار اللوائح الادارية والفنية، بالاتفاق مع وزارة المالية فيما يتعلق بالاحكام ذات الاثر المالي الواردة فيها. تحديد المقابل المادي لخدمات مقدمي الخدمة. تحديد المقابل المالي الذي يتقاضاه المركز عن الخدمات والتراخيص التي يقدمها. الموافقة على مشروع ميزانية المركز، وحسابه الختامي، وتقرير مراجع الحسابات، والتقرير السنوي، تمهيدا لرفعها بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. قبول التبرعات والهبات والمنح والوصايا والاوقاف والمساعدات التي تقدم للمركز. تشكيل فرق العمل واللجان من اعضاء المجلس او من غيرهم، وتحديد اختصاصاتها. وللمجلس تفويض اي من اختصاصاته او بعضها الى من يراه من المسؤولين في المركز وفق ما يقتضيه سير العمل.