المجلس هو السلطة العليا للمركز، ويتولى الاشراف عليه وتصريف اموره، وله اتخاذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اغراضه في حدود احكام التنظيم، وله على وجه خاص القيام بالاتي: اقرار الاستراتيجيات والخطط والبرامج ومؤشرات الاداء ذات العلاقة بالقطاع غير الربحي، ومراجعتها، وتقويمها، والعمل على تطويرها وتحديثها، والرفع بذلك وفقا للاجراءات النظامية المتبعة. اقتراح مشروعات الانظمة ذات العلاقة باختصاصات المركز، وكذلك اقتراح تعديل المعمول به منها. اقرار ما يستلزمه تنظيم القطاع غير الربحي من تنظيمات ولوائح وقواعد وادلة ومعايير، وفق ما تقضي به انظمة القطاع وسياساته. اقرار قواعد واليات اصدار التراخيص والتصاريح التي تدخل في اختصاصات المركز. اقرار هيكل المركز التنظيمي. اقرار اللوائح المالية للمركز بالاتفاق مع وزارة المالية. اقرار اللوائح الادارية المنظمة لشؤون منسوبي المركز، بالاتفاق مع وزارة المالية فيما يتعلق بالاحكام ذات الاثر المالي الواردة فيها. الموافقة على مشروع ميزانية المركز، وحسابه الختامي، وتقریر مراجع الحسابات، والتقرير السنوي، تمهيدا لرفعها وفق الاجراءات النظامية المتبعة. تحديد المقابل المادي للاعمال والخدمات التي يقدمها المركز في مجال اختصاصه. الموافقة على انشاء حاضنات ومسرعات الاعمال الاجتماعية والحاويات الفكرية لمنظمات القطاع غير الربحي. الموافقة على اقامة المعارض والمؤتمرات والندوات ذات الصلة بمهمات المركز، وفق الاجراءات المنظمة لذلك. اقرار ضوابط استعانة المركز بالخبرات والمكاتب الاستشارية المحلية والاجنبية للدراسات والبحوث. اعتماد خطة العمل السنوية وخطط المركز التشغيلية. تعيين مراجع حسابات خارجي معتمد، وتعيين مراقب مالي داخلي. الموافقة على تعيين شاغلي الوظائف القيادية في المركز، ومدير وحدة المراجعة الداخلية. قبول التبرعات والهبات والوصايا والمنح والاوقاف والاعانات. تشكيل لجان دائمة او مؤقتة من بين اعضائه او من غيرهم، يعهد اليها بما يراه من مهمات، ويحدد في قرار تكوين كل لجنة اختصاصاتها ورئيسها واعضاؤها، ويكون لها الاستعانة بمن تراه في تادية المهمات الموكولة اليها، ما لم يقرر المجلس غير ذلك. وللمجلس تفويض بعض صلاحياته الى من يراه من اعضائه او من منسوبي المركز.