تتكون اموال المؤسسة من: 1 - عائدات الموانئ. 2 - الاموال التي تساهم بها الخزانة العامة للدولة . 3 - الاموال الثابتة والمنقولة الواقعة تحت تصرف الموانئ، وكذلك كافة الاموال المستخدمة حاليا في ادارة الموانئ، وحقوقه والتزاماته في مواجهة الغير.