يكون للمدينة مجلس ادارة برئاسة الوزير، وعضوية كل من: ممثل من وزارة الطاقة. ممثل من وزارة الخارجية. ممثل من وزارة التجارة. ممثل من وزارة الصحة. ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ممثل من وزارة المالية. ممثل من وزارة التعليم. ممثل من وزارة الصناعة والثروة المعدنية. ممثل من هيئة تنمية البحث والتطوير والابتكار. ممثل من مركز الامن الوطني. ممثل من مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية. الرئيس التنفيذي. ويجب الا تقل مرتبة ممثلي الاجهزة الحكومية عن المرتبة (الرابعة عشرة) او ما يعادلها.