يتولى المجلس الاشراف على شؤون الهيئة وتصريف امورها، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اهدافها في حدود ما تضمنه التنظيم، وله على وجه خاص ما يلي: اعتماد السياسات والاستراتيجيات والخطط والبرامج والمبادرات اللازمة للانشطة الملاحية والانشطة البحرية وما تتضمنه من مهمات للهيئة وفق اختصاصاتها، مع مراعاة اختصاصات الجهات ذات العلاقة. اعتماد المتطلبات والاشتراطات المتعلقة بالتراخيص والتصاريح التي تصدرها الهيئة. اعتماد المواقع والمسارات والخرائط الملاحية اللازمة لممارسة الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، مع مراعاة اختصاصات الجهات الاخرى. اعتماد الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة للمرخص لهم وللوكلاء الملاحيين السياحيين. اعتماد الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة للمراسي البحرية السياحية بما يشمل تطويرها وادارتها وتشغيلها والاشراف عليها. اقتراح مشروعات الانظمة ذات العلاقة باهداف الهيئة واختصاصاتها، واقتراح تعديل المعمول به منها؛ تمهيدا لرفعها لاستكمال الاجراءات النظامية في شانها. اعتماد ضوابط اسناد بعض مهمات الهيئة الى جهات حكومية او القطاع الخاص او القطاع غير الربحي، مع مراعاة ان يكون اسناد اي مهمة الى جهة حكومية اخرى بموافقة تلك الجهة. اعتماد الية التحقق من حماية البيئة البحرية في المواقع التي تمارس فيها الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي. اعتماد خطط تاهيل وتدريب الكفاءات الوطنية في التخصصات ذات العلاقة بمهمات الهيئة واختصاصاتها. اقرار اللوائح المالية والادارية التي تسير عليها الهيئة وغيرها من اللوائح الداخلية والفنية اللازمة لتسيير شؤونها، على ان يكون اقرار اللوائح الادارية بالاتفاق مع وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية، واقرار اللوائح المالية والاحكام ذات الاثر المالي في اللوائح الادارية بالاتفاق مع وزارة المالية. اقرار الهيكل التنظيمي للهيئة. اقرار الخطط التشغيلية السنوية. تحديد المقابل المالي لما تقدمه الهيئة من خدمات واعمال ذات صلة باهدافها واختصاصاتها. تعيين مراجع حسابات خارجي (او اكثر) ومراقب مالي داخلي. الموافقة على مشروع ميزانية الهيئة السنوية، وحسابها الختامي، وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي؛ تمهيدا لرفعها وفق الاجراءات النظامية المتبعة. النظر في التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة. الموافقة على ابرام الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود، بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. الموافقة على قبول الهبات والتبرعات والمنح والوصايا والاوقاف، وفقا للاحكام المنظمة لذلك. الموافقة على فتح فروع او مكاتب للهيئة داخل المملكة. الموافقة على انشاء مكاتب موحدة تقدم فيها الخدمات من جميع الجهات ذات العلاقة. وللمجلس تشكيل لجان دائمة او مؤقتة من اعضائه او من سواهم، يعهد اليها بما يراه من مهمات، ويحدد في قرار تشكيل كل لجنة رئيسها واعضاءها واختصاصاتها، ولها الاستعانة بمن تراه لتادية بعض المهمات الموكولة اليها. وللمجلس تفويض بعض اختصاصاته الى الرئيس او الى من يراه من اعضائه او من منسوبي الهيئة، وفقا لما يقتضيه سير العمل.