تكون مهمات المركز على النحو التالي : 1 - وضع الاسس والمعايير والشروط والضوابط لمزاولة مهنة الطب البديل والتكميلي. 2 - وضع الادلة والاجراءات الخاصة بالطب البديل والتكميلي. 3 - وضع الضوابط والمعايير والالية الملائمة لتوثيق علوم الطب البديل والتكميلي، وبخاصة الطب الاسلامي والعربي. 4 - اجراء المسوحات والدراسات والبحوث المتعلقة بالطب البديل والتكميلي. 5 - اصدار التراخيص بمزاولة مهنة الطب البديل والتكميلي. 6 - المشاركة في تحديد الرسوم التي يتقاضاها ممارسو الطب البديل والتكميلي بحسب الخبرة والخدمة المقدمة والتاهيل. 7 - مراقبة نشاطات المرخص لهم - افرادا ومؤسسات - بممارسة الطب البديل والتكميلي، وتقويم ذلك . 8 - تاسيس قاعدة معلومات للطب البديل والتكميلي . 9 - اصدار التقارير والنشرات والدوريات العلمية، وعقد الندوات والمؤتمرات، في مجال الطب البديل والتكميلي . 10 - تقديم برامج التوعية والتثقيف الصحي في مجال الطب البديل والتكميلي للمجتمع. 11 - عقد الدورات، والبرامج التاهيلية، وبرامج التعليم والتدريب المستمر للمتعاملين في مجال نشاطات الطب البديل والتكميلي . 12 - التعاون والتنسيق مع الجهات الصحية والتعليمية والبحثية المختلفة في مجال الطب البديل والتكميلي، سواء داخل المملكة او خارجها . 13 - اصدار مجلة علمية متخصصة في الطب البديل والتكميلي . 14 - اقتراح الميزانية السنوية اللازمة لتوفير الاحتياجات البشرية والمادية والاجهزة والادوات والمستلزمات والاثاث. 15 - القيام باي مهمة اخرى يكلف بها ضمن اختصاصه مستقبلا.