يكون للمركز مجلس ادارة برئاسة الوزير، وعضوية كل من: ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ممثل من وزارة التجارة. ممثل من وزارة الشؤون البلدية والقروية. ممثل من وزارة المالية. ممثل من وزارة الاسكان. ممثل من وزارة التعليم. ممثل من وزارة الشؤون الاسلامية والدعوة والارشاد. ممثل من وزارة الطاقة. ممثل من وزارة الصناعة والثروة المعدنية. ممثل من الهيئة السعودية للمواصفات والمقاييس والجودة. ممثل من الهيئة العامة للجمارك. ممثل من المركز السعودي لكفاءة الطاقة. ممثل من شركة المياه الوطنية. اثنان من المتخصصين وذوي الخبرة في مجال عمل المركز، يعينان بقرار من مجلس الوزراء -بناء على ترشيح من الوزير- لمدة (ثلاث) سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة. ويجب الا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية في المجلس عن (الرابعة عشرة) او ما يعادلها.