يكون للمؤسسة مجلس ادارة برئاسة الوزير، وعضوية كل من: ا- ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ب- ممثل من الهيئة السعودية للبحر الاحمر. ج- ممثل من وزارة الداخلية (المديرية العامة لحرس الحدود). د- ممثل من المركز الوطني لتنمية الحياة الفطرية. ه- ممثل من المركز الوطني للرقابة على الالتزام البيئي. و- ممثل من جامعة الملك عبدالله للعلوم والتقنية. ز- ممثل من شركة نيوم. ح- ممثل من شركة البحر الاحمر الدولية. يجب الا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية في المجلس عن (الرابعة عشرة) او ما يعادلها.