يكون للهيئة مجلس ادارة برئاسة الوزير وعضوية كل من: ا- المحافظ. ب- ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ج- ممثل من وزارة المالية. د- ممثل من وزارة التجارة. ه- ممثل من وزارة الداخلية. و- ممثل من مجلس المخاطر الوطنية. ز- ممثل من الهيئة العامة للغذاء والدواء. ح- ممثلين من القطاع الخاص، من ذوي الخبرة والاختصاص بمجال عمل الهيئة، يعينان بامر من رئيس مجلس الوزراء بناء على ترشيح من الوزير. لا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية في المجلس عن (الخامسة عشرة) او ما يعادلها. فيما عدا الرئيس والمحافظ، تكون مدة العضوية في المجلس (ثلاث) سنوات، قابلة للتجديد لمرة واحدة. يختار الرئيس نائبا له من اعضاء المجلس ممثلي الجهات الحكومية عدا المحافظ.