مجلس الادارة هو السلطة العليا المهيمنة على شئون المؤسسة وتصريف امورها، وله ان يتخذ كافة القرارات اللازمة لتحقيق اغراضها واهدافها، وذلك كله في حدود احكام هذا النظام. وللمجلس على وجه الخصوص: 1 - وضع مشروع بالسياسة العامة التي يسير عليها في تشغيل وانشاء الموانئ وتطويرها، ويتم بعد اقراره من مجلس الوزراء العمل بموجبه. 2 - اصدار القرارات واللوائح الداخلية، والقرارات المتعلقة بالشؤون الادارية والفنية للموانئ. 3 - اصدار اللوائح المنظمة لشؤون الموظفين السعوديين وغيرهم، بالاتفاق مع ديوان الموظفين. 4 - اصدار اللوائح المالية للمؤسسة، بالاتفاق مع وزارة المالية والاقتصاد الوطني . 5 - اعداد مشروع الميزانية السنوية ، وحسابها الختامي. 6 - تعيين الموظفين والاستشاريين والخبراء بالمؤسسة، سعودين ومتعاقدين. 7 - ابرام الاتفاقيات والعقود بانواعها، مع الافراد والمؤسسات والشركات والمنظمات - سعودية او اجنبية محلية او دولية - فيما له علاقة باغراض ونشاطات الموانئ التابعة للمؤسسة. 8 - لمجلس الادارة حق تفويض بعض صلاحياته وسلطاته لرئيس مجلس الادارة، ويجوز لمجلس الادارة ان يشكل من بين اعضائه لجانا تتولى دراسة الموضوعات التي يحيلها اليه المجلس، وتقديم دراساتها اليه للبت فيها. ويجوز عند الاقتضاء - وبموافقة المجلس - ان تضم هذه اللجان اعضاء فنيين من غير اعضاء المجلس.