يشرف على المركز مجلس امناء برئاسة وزير البترول والثروة المعدنية، وعضوية ستة من ذوي الاختصاص والمهارات العلمية والتميز والخبرة في مجال البترول والبحث العلمي. ويكون تعيينهم بامر من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح وزير البترول والثروة المعدنية لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد، ويحدد الامر مكافاتهم.