اولا: يكون للمركز مجلس ادارة برئاسة وزير البيئة والمياه والزراعة، وعضوية كل من: الرئيس التنفيذي للهيئة العامة للغذاء والدواء. ممثلين من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ممثل من صندوق التنمية الزراعية. ممثل من وزارة التجارة. الرئيس التنفيذي للمركز. امين هيئة تنمية الصادرات السعودية. اثنين من المختصين وذوي الخبرة في مجال عمل المركز، يعينان بامر من رئيس مجلس الوزراء بناء على ترشيح من الرئيس، تكون مدة عضويتهما ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. ثانيا: يجب الا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية عن (الثالثة عشرة) او ما يعادلها، ويراعى ان يكون ممثلو تلك الجهات من ذوي الاختصاص. ثالثا: يجوز للرئيس تعيين نائب له من اعضاء المجلس من ممثلي الجهات الحكومية.