تهدف الهيئة الى الاسهام في تحقيق كفاءة الانفاق في الجهات الحكومية، والارتقاء بجودة المشروعات والاصول والمرافق، وتخطيط البنية التحتية، والبرامج والمبادرات والعمليات التشغيلية الممولة من الميزانية العامة للدولة، ومتابعة تنفيذ تلك الجهات للبرامج والمبادرات الخاصة بها بما يحقق اهداف الهيئة.