تهدف الهيئة الى القيام باعمال جباية الزكاة وتحصيل الضرائب والرسوم الجمركية، وتحقيق اعلى درجات الالتزام من قبل المكلفين بها بالواجبات المفروضة عليهم وفقا لافضل الممارسات وبكفاية عالية، وتنظيم جميع الانشطة المتعلقة بالعمل الجمركي والمنافذ الجمركية، وادارتها، بما يكفل النهوض بمستواها الى اقصى درجة من الكفاية والانتاجية والتنافسية، ولها - بالاضافة الى اختصاصاتها المقررة نظاما ودون اخلال باختصاصات ومسؤوليات الجهات الاخرى - القيام بكل ما يلزم في سبيل تحقيق اهدافها، ومن ذلك ما ياتي: جباية الزكاة وتحصيل الضرائب والرسوم الجمركية من المكلفين، وفقا للانظمة واللوائح والتعليمات ذات العلاقة. توفير خدمات عالية الجودة للمكلفين؛ لمساعدتهم على الوفاء بواجباتهم. متابعة المكلفين، واتخاذ ما يلزم من اجراءات لضمان جباية وتحصيل المستحقات المتوجبة عليهم. العمل على نشر الوعي لدى المكلفين وتقوية درجة التزامهم الطوعي، والتاكد من التزامهم بما يصدر من الهيئة من تعليمات وضوابط في مجال اختصاصها. توظيف التقنية الحديثة في تنفيذ اعمال الهيئة ومراقبتها وتسهيلها، وفي تعزيز الدور الامني في مكافحة التهريب الجمركي. التعاون مع القطاع الخاص في شان تنفيذ بعض الاعمال المساندة، وادارتها. وضع الخطط اللازمة لتنظيم مرافق المنافذ الجمركية وادارتها واستثمارها، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة. وضع معايير لمتابعة مؤشرات اداء اعمال الهيئة وخططها، التي تكفل تطوير ادائها وخدماتها، وللهيئة التنسيق في هذا الشان مع من تراه من الجهات ذات الصلة باختصاصاتها. التعاون وتبادل الخبرات مع الهيئات والمنظمات الاقليمية والدولية، وبيوت الخبرة المتخصصة داخل المملكة وخارجها، وذلك في حدود اختصاصات الهيئة. تمثيل المملكة في المنظمات والهيئات والمحافل والمؤتمرات الاقليمية والدولية ذات الصلة باختصاصات الهيئة. وللهيئة انشاء شركات تابعة لها تقوم بادوار تمكنها من اداء انشطتها ومهماتها وتحقيق اهدافها.