يهدف المجمع الى المحافظة على المكتبات الوقفية وخدمتها واتاحتها للعامة، وله في سبيل تحقيق ذلك ما يلي: 1 - عمل الابحاث والدراسات وتشجيع البحث العلمي في مجال اختصاصاته. 2 - العناية بالمقتنيات النادرة التي لدى المجمع والمحافظة عليها، وعرضها متحفيا وفق اعلى المستويات والمعايير الدولية، بعد التنسيق مع الجهات ذات العلاقة. 3 - تطوير منهجية علمية وعملية للمحافظة على المكتبات الوقفية ذات المحتويات النادرة. 4 - نشر المعرفة والوعي بالمخطوطات واهمية العناية بها. 5 - الاسهام في التعريف بالتراث الحضاري العربي والاسلامي المخطوط، وابرازه ونشره. 6 - بناء قواعد معلومات الكترونية متقدمة بمحتويات المجمع. 7- الاسهام في تقديم الخدمات العلمية للافراد والاجهزة الحكومية والخاصة والمراكز العلمية وغيرها. 8 - اقامة المعارض والمؤتمرات والندوات عن المكتبات الوقفية وتنظيمها، وفقا للاجراءات المنظمة لذلك. 9- المشاركة في اللقاءات والمؤتمرات المحلية والدولية الداخلة في مجال اختصاصه، وفقا للاجراءات المنظمة لذلك. 10 - التعاون وتبادل المعلومات والمطبوعات مع المكتبات والهيئات المحلية والدولية، وفقا للاجراءات المنظمة لذلك.