تهدف الهيئة الى تنظيم ادارة الموانئ والاشراف على تشغيلها، والعمل على تهيئتها بوصفها عنصر جذب استثماري، وتطويرها بما يدعم التجارة في المملكة وتنمية الاقتصاد الوطني، ولها في سبيل ذلك ما ياتي: 1- وضع القواعد اللازمة لادارة الموانئ وفقا لافضل النظم والاساليب الدولية. 2- وضع اللوائح والقواعد والمعايير الخاصة باستخدام الموانئ وادارتها وتشغيلها. 3- وضع لائحة منح التراخيص. 4- تشجيع الاستثمار في خدمات تشغيل الموانئ، ودعم الانشطة الاستثمارية والخدمات ذات القيمة المضافة في الموانئ، بما فيها الخدمات المساندة. 5- مراقبة قواعد المنافسة في مجال تقديم خدمات تشغيل الموانئ والعمل على حماية مصالح مستخدميها، ومراقبة اداء المرخص لهم لواجباتهم. 6- التحقيق فنيا في اي حادث او عارض يؤدي الى تعطيل او خسائر في اي من الموانئ. 7- توفير النشرات الملاحية عن الموانئ لذوي العلاقة. 8- وضع معايير الامان والسلامة والبيئة المتعلقة بالموانئ بعد التنسيق مع الاجهزة الحكومية ذات الصلة. 9- الاستعانة بالوكالات المتخصصة والمؤسسات العلمية او الفنية او المستشارين المؤهلين؛ للاستفادة من خبراتهم العلمية والعملية في مجال التطوير والدراسات الاستراتيجية، وفي مجال ادارة الموانئ، وتشغيلها. 10- تهيئة بيئة المنافسة في مجال تقديم خدمات تشغيل الموانئ وتسويقها، وادارة المنافسة بين الموانئ، والعمل على تحقيق التكامل بينها. 11- القيام بجميع النشاطات التي تمكنها من تحقيق اغراضها وتؤدي الى تعزيز الوضع التنافسي للموانئ. 12- تاسيس شركات، او الدخول في شركات قائمة شريكا او مساهما وفقا للاجراءات النظامية -بالتنسيق مع صندوق الاستثمارات العامة- للقيام باعمال البنية الاساسية للموانئ. 13- تمثيل المملكة في الهيئات والمنظمات الدولية ذات العلاقة بالموانئ. 14- انشاء قواعد بيانات، تضم جميع بيانات واحصاءات النقل البحري والتجارة البحرية في المملكة، وجعلها متاحة لمستخدمي الموانئ ولذوي العلاقة. 15- التعاون والتنسيق مع الاجهزة الحكومية من اجل انجاز مهمات الهيئة بكفاية وعلى اكمل وجه. 16- مراجعة الانظمة والتنظيمات التي تحكم نشاط الموانئ، واقتراح ما تراه لتطويرها، ورفع ذلك بحسب الاجراءات المتبعة. 17- اي مهمة اخرى توكل اليها بموجب الانظمة واللوائح.