تهدف الهيئة الى تنظيم الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، بما لا يخل باختصاصات الجهات الاخرى، وذلك بما يضمن تحقيق الاستخدام الامثل والمستدام لها، ويسهم في رفع كفايتها. وللهيئة القيام بكل ما يلزم في سبيل تحقيق اهدافها، ومن ذلك ما ياتي: وضع السياسات والاستراتيجيات والخطط والبرامج والمبادرات اللازمة لتنظيم الانشطة البحرية، والانشطة الملاحية والمراسي البحرية السياحية في النطاق الجغرافي، والاشراف عليها، والعمل على تنميتها واستدامتها، والرفع عما يتطلب استكمال اجراءات في شانه. اصدار التراخيص والتصاريح اللازمة لتنظيم الانشطة الملاحية والانشطة البحرية والاعمال المتعلقة بهما في النطاق الجغرافي، وفق متطلبات واشتراطات يضعها المجلس. مراجعة اختصاصات ومهمات الجهات التي تمارس اعمالا ضمن النطاق الجغرافي، واقتراح ما ترى تعديله منها، وذلك بالتنسيق مع تلك الجهات. متابعة متطلبات واشتراطات واجراءات الجهات ذات العلاقة المتصلة بتنظيم ممارسة الانشطة الملاحية والانشطة البحرية، واقتراح ما تراه في شانها. اقتراح ما تراه حيال الاختصاصات والمهمات غير المنظمة من الجهات ضمن النطاق الجغرافي -ان وجدت- دون اخلال بالجوانب المتصلة بالبيئة والموارد الطبيعية ومتطلبات الامن والسلامة البحرية، والرفع عما يلزم. تحديد المواقع والمسارات الملاحية لممارسة الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، وتطويرها، وتحديثها، وذلك بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة. تحديد الاحتياجات الحالية والمستقبلية اللازمة لتهيئة البنى التحتية للانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، والتنسيق مع الجهات ذات العلاقة للعمل على اتخاذ ما يلزم في شانها. وضع الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة المتعلقة بتقديم الخدمات في الانشطة البحرية والانشطة الملاحية، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، والاشراف على تطبيقها. وضع الضوابط والقواعد والمعايير الخاصة للمراسي البحرية السياحية بما يشمل تطويرها وادارتها وتشغيلها، والاشراف عليها. وضع الية -بالتنسيق مع الجهات المعنية- تضمن التحقق من حماية البيئة البحرية في المواقع التي تمارس فيها الانشطة الملاحية والانشطة البحرية في النطاق الجغرافي، على ان تتضمن هذه الالية تحديد دور الهيئة في متابعة تنفيذها، وما يلزم اتخاذه بشكل عاجل في حال الاخلال بها. اتخاذ ما يلزم لتشجيع وجذب الاستثمار في الانشطة الملاحية والانشطة البحرية، بالتنسيق مع الجهات المعنية. تقديم المساندة الادارية والفنية والاستشارية للمستثمرين في الانشطة الملاحية والانشطة البحرية بما في ذلك المنشات الصغيرة والمتوسطة، بالتنسيق مع الجهات المعنية. انشاء قواعد للبيانات وللمعلومات ذات العلاقة بمهام واختصاصات الهيئة. الاستفادة من الممارسات الدولية في مجالها، من اجل تطوير الانشطة الملاحية والانشطة البحرية، واتخاذ ما يلزم حيال ذلك. التعاون وتبادل الخبرات مع الهيئات والمنظمات الاقليمية والدولية، وذلك في حدود اختصاصات الهيئة، وفق الاجراءات النظامية المتبعة. تشجيع ممارسة الانشطة الملاحية والانشطة البحرية، واتخاذ ما يلزم لتمكين الراغبين في ممارستها. العمل على تسويق الانشطة الملاحية والانشطة البحرية؛ لجذب الممارسين المستهدفين الى تلك الانشطة. عقد وتنظيم الملتقيات والمؤتمرات والمنتديات والمعارض ذات العلاقة باختصاص الهيئة داخل المملكة وخارجها والمشاركة فيها، وفقا للاحكام النظامية ذات الصلة. اقامة الدورات التدريبية في المجالات ذات العلاقة باختصاصاتها، والتشجيع على ذلك. وضع برامج تدريبية مهنية، وجهات مانحة للشهادات مختصة بالتدريب في المجالات ذات العلاقة باختصاصاتها، وفق الاجراءات النظامية. اسناد بعض مهماتها الى جهات حكومية، وذلك بالاتفاق مع الجهة المسند اليها، او الى القطاع الخاص او الى القطاع غير الربحي وفق ضوابط يعتمدها المجلس.