يهدف المركز الى تنفيذ ما يحقق سياسات الوزارة المعتمدة لمكافحة الافات والامراض الحيوانية، وذلك من خلال اتخاذ الاجراءات الوقائية والعلاجية لضمان صحة النباتات والحيوانات واستدامتها، وتعزيز مشاركة القطاع الخاص، وتوحيد الجهود بين الجهات الحكومية والخاصة في هذا المجال.