الغرض الرئيسي للمؤسسة هو: الاشراف على ادارة الموانئ، ووضع القواعد اللازمة بقصد تنمية وتطوير وتحسين اوضاع الموانئ، ولها في سبيل ذلك: 1 - وضع القواعد اللازمة لادارة الموانئ طبقا للنظم والاساليب الدولية. 2 - توفير الخدمات المختلفة للموانئ كالارشاد البحري، وتوفير المراسي واعمال صيانة الممرات الملاحية الداخلة في حدود الميناء، والمعدات والالات. 3 - بناء الارصفة والاحواض الجافة والعائمة وصيانتها واستغلالها، وصيانة السفن. 4 - تنظيم عمليات الشحن والتفريغ والاشراف عليها، وتوفير الخدمات اللازمة للسفن. 5 - ممارسة جميع الاعمال اللازمة لتحقيق غرضها والرفع من كفاية اعمال الموانئ.