تتخذ المؤسسة مقرها الرئيسي في مدينة الدمام، ولها ان تنشئ فروعا لها في المدن والقرى التي تمر بها خطوطها الحديدية، ويجوز لمجلس الوزراء ان يقرر نقل مقرها الى مدينة اخرى في داخل المملكة.