يهدف النظام الى تنظيم شؤون القطاع الزراعي، وادارته، وحمايته، وتنميته، واستدامته، والمساهمة في تحقيق الامن الغذائي والتنمية الريفية والاجتماعية، وتنظيم الانشطة المتعلقة به من انتاج او استيراد او تصدير، وغيرها من الانشطة ذات العلاقة بالقطاع الزراعي.