اهداف النظام يهدف هذا النظام الى تنظيم التعامل مع الموارد الوراثية النباتية وحمايتها من اي ممارسات خاطئة، ويهدف كذلك الى ما ياتي: 1- رصد الموارد الوراثية النباتية، واستكشافها، وصيانتها، والاستخدام الامثل لها، وذلك من اجل تحقيق الامن الغذائي. 2- تنظيم الحصول على الموارد الوراثية النباتية، والاقتسام العادل والمتكافئ للمنافع الناشئة من استخدامها. 3- تنظيم تداول الموارد الوراثية النباتية، سواء اكانت للاغراض التجارية ام غيرها. 4- تنظيم دخول الموارد الوراثية النباتية وخروجها عبر المنافذ. 5- حماية المعارف التقليدية بالموارد الوراثية النباتية. 6- تشجيع جهود المزارعين ودعمها – بحسب ما هو ملائم – لادارة مواردهم الوراثية النباتية وصيانتها.