تتمتع المؤسسة بالشخصية الاعتبارية والاستقلال المالي والاداري، وترتبط تنظيميا بالوزير، ويكون مقرها الرئيس في مدينة الرياض. ولها بقرار من المجلس انشاء فروع او مكاتب داخل المملكة بحسب الحاجة. يكون نطاق عمل المؤسسة الجغرافي في سواحل وجزر ومياه البحر الاحمر التابعة للمملكة، عدا المناطق المحمية التابعة للمركز الوطني لتنمية الحياة الفطرية؛ فتقوم المؤسسة بالمهمات الخاصة بها داخل هذه المناطق من خلال المركز وبالتنسيق معه، وبما لا يتعارض مع مهماته واختصاصاته.