الهيئة هي الجهة المختصة بتنفيذ هذا النظام ولائحته، وتحصيل الاجور الواردة فيه، وتاجير المرافق الاستثمارية في المطارات المدنية وتحصيل ايراداتها، وايقاع الغرامات الواردة في هذا النظام على المخالفين وفق ما يقضي به النظام ولائحته .