تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة، ويحول الفائض من الموارد المالية التي تتقاضاها الهيئة الى وزارة المالية بعد اقتطاع جميع النفقات الجارية والراسمالية وغيرها من النفقات التي تحتاج اليها الهيئة، وتحتفظ الهيئة بمبلغ يعادل ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانيتها السنوية السابقة في حساب طوارئ تسحب منه عند الحاجة بقرار من مجلس الادارة. السنة المالية للهيئة هي السنة المالية للدولة.