تتولى الوزارة تنظيم الثروة النباتية وادارتها، وتنمية مواردها الطبيعية، والاشراف والرقابة عليها، والعمل على حمايتها ورعايتها، ولها في سبيل ذلك ما ياتي: ترخيص انشطة الثروة النباتية. تحديد الشروط والمواصفات المتعلقة باصناف الثروة النباتية وانواعها، وتحديد شروط تسجيلها وترخيصها وتداولها. الترخيص لمحلات تداول او بيع انواع واصناف الثروة النباتية، والاشراف عليها. حظر تداول اي نوع او صنف من الثروة النباتية او زراعته او نقله، وذلك وفقا لما تحدده اللائحة. تنظيم نشاط الممارسات الزراعية الجيدة، وتحديد جهات التوثيق وشروط الترخيص والحصول على الشهادة. حظر زراعة المحاصيل الزراعية المستنزفة للمياه او تقييدها، مع مراعاة الميزة النسبية للمناطق التي تحددها الوزارة. حظر الزراعة مؤقتا في المناطق التي يشتبه وجود افة او وباء او تلوث فيها. المحافظة على السلالات المحلية، وتوثيقها، وتطويرها.