تتالف موارد الهيئة مما ياتي: 1- ما يخصص لها من اعتمادات من الدولة. 2- ايرادات خدمات تشغيل الموانئ. 3- المقابل المالي للتراخيص التي تصدرها وفقا للتنظيم. 4- ما يقبله المجلس من هبات واعانات ومنح ووصايا وتبرعات واوقاف وفقا للانظمة. 5- الموارد الاخرى التي يقرر المجلس اضافتها الى اموالها وفقا للانظمة.