تودع اموال الهيئة في حساب جاري وزارة المالية بمؤسسة النقد العربي السعودي، ولها فتح حسابات في البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف منها وفق ميزانية الهيئة المعتمدة.