يكون للمركز رئيس تنفيذي يعين بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، وصلاحياته ومسؤولياته، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقره المجلس، وله بوجه خاص الاختصاصات والصلاحيات الاتية: 1- اقتراح خطط المركز وبرامجه، والاشراف على تنفيذها بعد الموافقة عليها. 2- اقتراح اللوائح الداخلية، والتي من ضمنها اللوائح الادارية والمالية. 3- اقتراح الهيكل التنظيمي للمركز. 4- اقتراح المقابل المالي للخدمات التي يقدمها المركز. 5- ادارة اعمال المركز. 6- الاشراف على الاعداد لاجتماعات المجلس. 7- حضور اجتماعات المجلس دون ان يكون له حق التصويت. 8- متابعة تنفيذ قرارات المجلس. 9- تعيين موظفي المركز، والاشراف على اعمالهم، وتقويم ادائهم، واتخاذ التدابير التاديبية في حقهم، وفقا للوائح المركز والانظمة ذات العلاقة. 10- تطوير علاقات المركز مع الشركاء المحليين والدوليين الفاعلين في نشاطه، وابرام اتفاقيات التعاون ومذكرات التفاهم ذات الصلة. 11- فتح الحسابات المصرفية الخاصة بالمركز في البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، وتوقيع اوامر الصرف والحوالات المالية بحسب الميزانية المعتمدة. 12- ابرام العقود الخاصة بالمركز. 13- تمثيل المركز امام القضاء والجهات الحكومية الاخرى والخاصة. 14- اعداد مشروع ميزانية المركز ومشروع حسابه الختامي وتقريره السنوي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس. وللرئيس التنفيذي تفويض من يراه في بعض صلاحياته.